Os cursos de graduação em medicina foram iniciados em março de 1954 para os alunos do 4º ano, numa sala de aulas cedida pelo Instituto Otoniel Motta, e depois, no Salão Nobre do Centro Médico de Ribeirão Preto. A parte prática foi ministrada inicialmente nas Enfermarias da Santa Casa local, e devido à inexistência de salas de aulas, muitas vezes as reuniões eram feitas nos jardins daquele hospital. Raras eram as oportunidades de se executar demonstrações cirúrgicas, o que dependia da boa vontade e cortesia dos Chefes de Clínica daquela entidade. Ocasionalmente, demonstrações de técnica cirúrgica eram realizadas no Laboratório de Anatomia da FMRP cedido pelo Prof. Jerson Novah. Em fins de 1955, o Diretor da FMRP, Prof. Zeferino Vaz, com a ajuda dos Drs. Waldemar Barnsley Pessoa (Diretor do Hospital São Francisco) e Paulo Gomes Romeu (Presidente do Centro Médico local), convenceu Dona Sinhá Junqueira, Presidente da Fundação de seu nome, que construía uma Maternidade para atendimento de mães solteiras, a ceder o prédio em construção na forma de comodato à Universidade de São Paulo. O termo de cessão com duração de 20 anos previa a conclusão da obra pelo Governo Estadual e que passaria a se chamar Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo. Em 1956, foram instaladas neste prédio as enfermarias de vários Departamentos, incluindo as da Cirurgia. Simultaneamente foram instalados o Centro Cirúrgico e o Centro de Recuperação, que foi um dos primeiros do país. Em 6 de agosto de 1956 foi realizada a primeira cirurgia no novo Centro Cirúrgico, uma gastrectomia, executada pelo Prof. Ferreira-Santos, auxiliado pelos Drs. Carril e Escobar, sendo o Dr. Nicoletti o anestesista.
O curso teórico de graduação abrangeu, desde o início, uma primeira parte referente ao ensino básico de cirurgia, seguida de outra sobre os sistemas digestivo e vascular. As áreas restantes foram programadas para 1956, dirigidas a alunos do 5º ano e do novo 4º ano. Este curso, programado pelos Profs. Ferreira-Santos e Hélio Lourenço de Oliveira, contando com a colaboração dos Departamentos de Cirurgia, Clínica Médica, Pediatria e Patologia, passou a ser chamado de Curso Conjunto de Medicina e Cirurgia. A integração do ensino para as turmas do 4º e 5º anos visava dar uma visão global da Medicina onde as doenças eram abordadas nos aspectos clínicos, etiopatogênicos, diagnósticos e terapêuticos. Este esquema didático funcionou muito bem até meados da década de 1960, quando por decisão de nível superior da Universidade a programação curricular foi modificada. Neste novo modelo pedagógico prevaleceu o conceito do ensino ativo, com valorização dos seminários e aulas práticas para pequenos grupos de alunos e desvalorização das aulas expositivas. As deficiências de tal modelo pedagógico levaram a uma nova reforma curricular em meados da década de 1990, agora por iniciativa da FMRP-USP, que descaracteriza o departamento como unidade de ensino e busca a integração interdisciplinar de áreas afins. Procura-se fortalecer o ensino extramuros em unidades de atendimento de casos de complexidade menor (níveis primário e secundário) onde cerca de 90% dos problemas de saúde são resolvidos.
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